El origen de la Capilla de Ntra. Sra. de las Mercedes reside en aquella primitiva hornacina que se hizo durante las reformas de la Puerta de Goles en 1565, donde por orden del asistente de la ciudad, D. Francisco Chacón, señor de Casarrubios, mandó situar en la derecha de la misma un lienzo con Ntra. Sra. de la Merced en un pequeño retablo. Esta hornacina debió transformarse en pequeña capilla, que se arruinó, pues en el año 1718 el Cabildo secular de la ciudad autorizó a la Hermandad para que la reconstruyese con el informe favorable del Maestro Mayor del Cabildo, Marco Sancho. Este hecho prueba, de manera taxativa e indudable, que el retablo ya gozaba de cierto abolengo por estas fechas.
En 1859, antes de la Revolución del año 68, fue derribada la Puerta Real (uno de los muchos atropellos urbanísticos que cometieron los «ilustrados»), con lo que la capilla ganó algún espacio, destinándose su parte baja para iglesia y el alto para sala de la Hermandad. Esto último ocurrió así: como forzosamente tenían que desaparecer los retablos que a la Puerta estaban adosados, la Hermandad rogó al Ayuntamiento le concediera un pequeño local que ocupaban los «guardas del consumo», junto a la muralla, bajo el antiguo retablo de San Antonio. Concedida la autorización, con ciertas restricciones por parte de la ciudad, se labró el ámbito o solar que ocupa su actual sede.
La inscripción sobre mármol que se conserva actualmente dice lo siguiente: “Se hizo esta capilla año de 1865 siendo Hermano Mayor D. Joaquín Bravo, Consiliario 1º D. Agustín Arroyo, I. D.º D. Eugenio Llano, Mayordomo D. Franco. Arroyo, Fiscal D. Ricardo Morales, Secretario D. Manuel Gallego y Capiller D. Antº Molina”.
El descuido y abandono que arrastraba la capilla culminó cuando esta se hundió en el año 1930. Traída la imagen de la Virgen, primero a la capilla del Museo y después a la parroquia de San Vicente, un grupo de hermanos de las Siete Palabras quisieron reanimar su culto, instalándola provisionalmente en el recinto de esta cofradía en un altar provisional de la nave del Evangelio. Entonces se intentó reedificar la capilla de las Mercedes, y como no existía entidad responsable para hacerse cargo de la obra, determinaron reorganizar la Hermandad, cuya Junta reorganizadora fue aprobada por Decreto del Arzobispado del día 2 de agosto de 1.940 y se mando al Sr. Cura Párroco de San Vicente que entregase la llave de la Capilla para que se hicieran las obras que constaban en el escrito que presento D. Fernando Valencia de los Santos en julio de aquel año. En 1940 se consigue el objetivo anterior. Se distinguieron en estas gestiones don Fernando Valencia de los Santos, el cual presentó un escrito en Palacio, y el sacerdote don Manuel Ruiz López, de feliz memoria.
El aspecto actual que presenta la Capilla es fruto de la reedificación efectuada en 1944 como consecuencia del hundimiento de los años 30. En ella intervino el arquitecto don Aurelio Gómez Millán, quien le dio un ligero perfil historicista, con ventanas pseudo-ojivales, portada en forma de arco conopial dispuesta aprovechando el chaflán del solar, y sobremontada por pequeño campanil. El 24 de septiembre de ese año, el cardenal Segura bendijo la restaurada capilla, casi sacada otra vez de cimientos. Al siguiente domingo, 1 de octubre, la Virgen sería trasladada desde San Vicente a su capilla en solemne procesión.
De los años 40 es el bello frontal de altar, que lleva la firma del ceramista Mensaque Rodríguez y Cía, viéndose al centro el escudo mercedario entre dos ángeles, todo ello realzado por primorosa ornamentación neoplateresca (cabeza de bichas, roleos vegetales, cintas o placas recortadas, rosetones…). También corresponde a esa época el zócalo de azulejos de arista.
La idea de la Hermandad durante los últimos años ha sido la de reformarla o agrandarla, proyecto que significaba un verdadero sueño. Con fecha a 30 de diciembre de 1982, se compró la casa adyacente a la capilla para su futura ampliación. Mas como el coste resultaba prohibitivo, al final se dividió el solar resultante, dando la mitad a un arquitecto para sus fines particulares. A cambio de ello dicho profesional se ocupó de levantar la Casa de Hermandad adyacente que ciertamente supone un desahogo frente a las necesidades de espacio. Hacia el otoño de 1991, la Virgen volvió a su capilla de la Puerta Real tras la restauración llevada a cabo en la misma durante los últimos meses. El 9 de noviembre de 1998 se bendijo la nueva Casa de Hermandad, construida al lado de la capilla.
El 24 de septiembre de 2002 fue bendecido un retablo cerámico en el exterior de la capilla con la Sagrada Titular, obra del hermano José María Gómez Clérigo, ofrenda de Gabriel Solís Pérez y Gabriel Solís Carvajal.
La capilla llegó a tener un altar de escayola para la Virgen de las Mercedes, pero su mal estado de conservación hizo que se cubriera por un dosel realizado por Antonio Rincón del que actualmente solo se conserva parte de la gotera. Dicho altar fue derribado en las últimas intervenciones, realizándose un camarín
En el lateral izquierdo de la capilla, que colinda con la muralla almohade, se ubican dos hornacinas para San Pancracio y San Pedro Nolasco. En el medio de las mismas se ubica la imagen del Santo Cristo de la Redención. En el lateral derecho se encuentran los dos ventanales ya citadas con un pequeño retablo para San Fernando Rey y un pedestal con una pequeña imagen de San Martín de Porres.en el mismo lugar aunque dándole mayor altura. En 2005, José Francisco Fernandez Rodríguez realizó una peana en forma de nube para el camarín de la capilla. A sus lados hay dos lámpara repujadas modernas en forma de aceitero.